Ihren Aquarienfilter sollten Sie reinigen, wenn nicht mehr genügend Wasser durch das Filtermaterial fließen kann. Es hat dann meist eine tiefbraune Färbung und fühlt sich schleimig an. Am besten nimmt man etwas Wasser aus dem Aquarium in einen Eimer und wäscht darin Filterschwämme und andere Filtermaterialien aus. Dabei muss das Filtermaterial lediglich wieder gut durchlässig werden. Auskochen darf man den Filter nicht, da sonst die wichtigen Filterbakterien abgetötet werden.
Filterwatte wird bei Bedarf gegen neue ausgetauscht. Allerdings nie alles sondern maximal drei Viertel, damit noch genügend Filterbakterien erhalten bleiben. Muss man einen neuen Filterschwamm nehmen, oder richtet man ein Aquarium neu ein, so impft man den neuen Filter mit Bakterien aus dem alten an. Dazu tränkt man den neuen Schwamm mit dem Filtermulm des alten.