Eine Filtermatte wird so im Aquarium eingebracht, dass ein hinter der Matte positionierter Luftheber oder eine Motorpumpe Wasser von hinter dem Filter nach vorne befördert. Wasser fließt durch die Filtermatte nach und kann darin von den Filterbakterien gesäubert werden. Durch die große Filteroberfläche sind Hamburger Mattenfilter sehr effektiv.

Die Filtermatten müssen nur dann ausgespült werden, wenn der Durchfluss merklich zurückgeht. Das erkennt man daran, dass der Höhenunterschied des Wasserstandes vor und hinter der Matte mehr als etwa drei Zentimeter beträgt. Zur Reinigung nimmt man den Schwamm heraus und wäscht ihn in einem Eimer mit Aquarienwasser aus. Man darf ihn nie auskochen, da dadurch sämtliche nützlichen Bakterien abgetötet werden.

Verglichen mit den kleinen Filtereinsätzen von Innenfiltern aus Standardbecken ist das ein 10 bis 50-fach größeres Filtervolumen und kann sehr gut mit Außenfiltern mithalten.